La DGDA fonctionne avec trois blocs distincts des services, à savoir :
L’administration centrale (Direction Générale)
Composée de 16 directions centrales situées dans la capitale de la République (Kinshasa), qui sont :
- Bureau de Coordination ;
- Direction des Ressources Humaines ;
- Direction de Réglementation et Facilitation ;
- Direction de la Lutte contre la Fraude ;
- Direction du Tarif et Règles d’origine ;
- Direction des Affaires Juridiques et Contentieuses ;
- Direction de la Valeur ;
- Direction des Huiles Minérales ;
- Direction des Autres Produits d’Accises ;
- Direction des Recettes du Trésor ;
- Direction des Finances Internes ;
- Direction des Equipements et Logistique ;
- Direction des statistiques, Documentation et Etudes Economiques ;
- Direction des Systèmes et Technologies d’information ;
- Direction de l’Audit Interne ;
- Direction de Réformes et Modernisation.
Les administrations Provinciales
Composée de 10 directions provinciales situées à travers la République Démocratique du Congo, qui sont :
- Direction Provinciale du Nord-Kivu
- Direction Provinciale du Sud-Kivu
- Direction de la Province Douanière du Katanga
- Direction Provinciale du Maniema
- Direction Provinciale du Kongo-Central
- Direction Provinciale du Kasai-Occidental
- Direction Provinciale du Bandundu
- Direction de la Province Orientale
- Direction Provinciale de l’Equateur
- Direction de Kin-Aero